九天玄女的原始形象是玄鸟，据史书及神话传说记载：她是西灵圣母元君之弟子，又是黄帝之军师。鉴于她所造能出奇制胜的“天书”兵法，堪称得是中国上古第一位杰出的女军事家。
传说古时，黄帝与蚩尤，鏖战于涿鹿九战而不胜。蚩尤之暴，他祭起法术，使三日三夜大雾冥冥，令军士不见天日，难辨山川四野方向，困黄帝于太山之下。黄帝见军士无法作战，引兵退归太山之阿，夜间昏然忧寝。西灵圣母遂遗使者，被玄狐之裘，以符授黄帝曰：“太一在前，天一在后，得之者胜，战则克矣。”西灵圣母所授神符，“广三寸，长一尺，青莹为玉，丹血为文。” 授符既毕，西灵圣母又命弟子九天玄女向黄帝传授“三宫五意阴阳之略，太一遁甲六壬步斗之术，阴符之机，灵宝五符五胜之文”。为了战胜蚩尤，九天玄女又为黄帝制作夔(音葵)牛皮巨鼓八十面，又再授予黄帝图策，印剑之物，以战备之用。
除了助黄帝取得胜利之外，九天玄女的故事还出现在汉代与水浒之中。
汉高祖打败项羽，建立汉朝王朝后，建都城时却遇到了麻烦：古都咸阳和秦朝的阿房宫被项羽一把火烧毁，刘邦不得不另选都址。他派方士张天罡具体去操办，张天罡首先选中了白鹿原。白鹿原右临泾水，左接渭河，沃野千里，路通八极，是个建都的好住处。等到破土动工之日，突然地动山摇、天崩地裂，白鹿原顿时成为一片汪洋。张天罡在危机之时，大呼素有灵验的九天玄女来拯救，只见一片五彩祥云自西天而降，九天玄女向白鹿原撒下一把净土，白鹿原立马被恢复原状，无数施工的民工得救了。
九天玄女告诉张天罡：白鹿原下有一巨鲸，这里不适合建都，要另选都址。张天罡按照玄女的叮嘱，最后将都城选定在长安，他按各方方位、距离，打了四十九个钻孔，在打最后中央的钻孔时，它被自动塌陷下去，变成一个深不可测的大洞穴，张天罡急忙恳求九天玄女前来救助。玄女驾云而来，告诉他洞里有一条巨龙，只见她用手中的净瓶倒扣于空中，把洞穴罩住，又让张天罡派勇士进洞把巨龙捆绑起来，用铁板浇铸钟楼，九天玄女再用净瓶倒扣钟楼上，永镇住巨龙。从此以后，建都工程进展顺利，一座伟岸的新都城很快落成。
《水浒传》第四十一回《还道村受三卷天书 宋公明遇九天玄女》中记载，呼保义宋江传为九天玄女转世。曾帮助宋江在还道村脱险并赐三卷天书。又以相生相克之术，破了辽军的阵法。
